阴茎短小往往会在思想上给男士造成自卑和压抑感，怕去公共游泳池，怕在人多时上厕所，怕受到性伴侣的歧视，长此以往，可诱发性自卑、性冷淡等严重的身心疾病。

阴茎短小不但直接影响性生活的质量，甚至诱发家庭关系的破裂，据不完全统计，我国39%的离婚因素是因为男性生殖器短小造成的性生活不和谐。

阴茎过于短小，会造成包皮包茎，包皮包茎不但是龟头炎、前列腺炎的罪魁祸首，还可造成一系列的男性疾病，引起性交疼痛、阴囊疼痛、睾丸发育差等。

阴茎短小可导致各种炎症的发生，由于致炎因子长期刺激对生殖系统精子和性反应的调节，降低了精液质量，并且破坏经卵细胞，导致男性不育的发生。